Fachada do Schloss Hellbrunn - Foto: Nicholas Even- (Licença-cc-by-sa-3.0)

Vestígios de assentamentos humanos encontrados na área datam do período Neolítico. Aparentemente, os primeiros assentamentos em Salzburgo foram iniciados pelos celtas. Por volta do ano 15 a.C., os assentamentos isolados foram unidos em uma cidade pelo Império Romano. Nesta época a cidade era chamada Juvavo (em latim: Juvavum) e recebeu o estatuto de município em 45 d.C.. Juvavo se desenvolveu e tornou-se uma importante cidade da província romana de Nórica. Após o colapso da fronteira nórica, Juvavo declinou tão acentuadamente que no final do século VII ela havia se transformado em uma 'quase ruína'. A Vida de São Ruperto atribui o renascimento da cidade ao santo do século VIII. Quando Teodão da Baviera pediu a Ruperto para se tornar bispo, por volta de 700, Ruperto explorou o rio para escolher um local para edificar sua basílica. Ruperto escolheu Juvavo, ordenou padres e anexou o senhorio de Piding. Ruperto chamou a cidade de 'Salzburgo' e viajou para a evangelizar entre os pagãos. 

O nome Salzburgo significa 'castelo de sal' (em latim: Salisburgium). O nome é derivado das barcaças que transportavam sal no rio Salzach, e estavam sujeitas a um pedágio no século VIII, como era habitual para muitas comunidades e cidades nos rios europeus. A Fortaleza de Hohensalzburg foi construída em 1077 e expandida durante os séculos seguintes. A cidade ficou conhecida pelo incrível músico Wolfang Amadeus Mozart um dos maiores compositores de música clássica do mundo, que nasceu na mesma. A independência da Baviera foi assegurada no final do século XIV. Salzburgo foi a sede do Arcebispado de Salzburgo, um príncipe-bispado do Sacro Império Romano.Em 31 de outubro de 1731, 214º aniversário da afixação por Martinho Lutero de suas 95 teses na porta da Escola Wittenberg, o arcebispo Leopold Anton von Firmian assinou um Edito de Expulsão, o Emigrationspatent, aconselhando todos os protestantes a abjurar suas crenças não-católicas, caso contrário seriam banidos da cidade. (Não confundir com muitos éditos de expulsão semelhantes publicados contra os judeus em várias cidades da Europa).

Os proprietários de terra tiveram dois dias para vender suas terras e partir. Bovinos, ovinos, mobiliários e terras, tudo tinha que ser despejado no mercado, em troca, os salzburguenses recebiam pouco dinheiro dos católicos abastados aliados de Von Firmian. Von Firmian confiscou grande parte das terras para sua própria família e ordenou que todos os livros e Bíblias protestantes fossem queimados. Muitas crianças até 12 anos de idade foram capturadas para serem criadas como católicas romanas. Os arrendatários de terras, comerciantes, operários e mineradores tiveram apenas oito dias para vender o que pudessem e partir. Os primeiros refugiados marcharam para o norte em temperaturas terrivelmente frias e tempestades de neve, procurando abrigo nas poucas cidades da Alemanha controladas por príncipes protestantes. As crianças iam sobre vagões de madeira carregados de bagagem. Enquanto caminhavam, as economias dos refugiados acabavam rapidamente: eles eram atacados por salteadores, que exigiam impostos, pedágios e pagamento para proteção dos ladrões.

A notícia da situação dos refugiados era propagada rapidamente à medida que suas colunas marchavam para o norte. Johann Wolfgang von Goethe escreveu o poema 'Hermann e Dorotéia', que, embora retratasse rupturas causadas na sequência da Revolução Francesa, foi motivado pela história da marcha dos refugiados de Salzburgo. Protestantes e alguns católicos ficaram horrorizados com a crueldade de suas expulsões em pleno inverno, e com a coragem que eles demonstraram ao não renunciar à sua fé. Lentamente no início, os refugiados chegavam às cidades que os acolhiam e lhes ofereciam ajuda. Mas não havia lugar onde tantos refugiados pudessem se estabelecer. 

Finalmente, em 1732, o rei Frederico Guilherme I da Prússia aceitou 12 000 emigrantes protestantes de Salzburgo, que se instalaram em áreas do leste da Prússia que haviam sido devastadas pela peste negra vinte anos antes.[5] Outros grupos menores seguiram para Debrecen e para regiões de Banat no Reino da Hungria, onde atualmente se encontram a Eslováquia e a Sérvia; o Reino da Hungria recrutou alemães para repovoar áreas ao longo do rio Danúbio dizimadas pela peste e pela invasão otomana. O salzburguenses também migraram para áreas protestantes perto de Berlim e Hanover, na Alemanha, e para os Países Baixos.