Vista panorâmica da cidade à noite - Foto: Master John1881 (Licença-cc-by-sa-3-0)

A pesquisa arqueológica revelou um centro funerário e religioso em Kfar HaHoresh, a cerca de duas milhas de Nazaré, datado como tendo aproximadamente 9 000 anos (correspondendo ao período que é conhecido como Neolítico pré-cerâmica B). Os restos de 65 indivíduos foram encontrados, enterrados sob imensas estruturas horizontais de pedra, algumas das quais chegam a 3 toneladas de gesso branco produzido no próprio local. Caveiras humanas ornamentadas que foram descobertas no local levaram os arqueólogos a acreditar que Kfar HaHoresh foi um importante centro de culto naquela era remota.

Chad Emmet é autor de um estudo sociológico sobre a Nazaré moderna intitulado 'Além da Basília: cristãos e muçulmanos em Nazaré'. Este livro tenta 'compreender melhor como cristãos e muçulmanos conseguiram viver juntos por séculos em uma relativa paz, numa região conhecida por seus conflitos étnicos e religiosos, e determinar até que ponto eles permaneceram segregados em bairros diferentes de acordo com suas religiões.' Emmet afirma que as escavações arqueológicas na vizinhança das atuais Basílica da Anunciaão e Igreja de São José revelaram pedaços de cerâmica da Idade do Bronze (2200 a 1500 a.C.) e artefatos, silos e moinhos da Idade do Ferro (1500 a 586 a.C.).[9] Entretanto, escavações conduzidas antes de 1931 na área venerada pelos franciscanos não revelaram 'nenhum traço de colonização romana ou grega' ali, e, de acordo com estudos feitos entre 1955 e 1990, nenhuma evidência arqueológica dos períodos assírio, babilônio, persa, helênico ou do início do período romano foi encontrada.

Emmet também afirma que 'casas e sepulturas feitas de pedra construídas sobre cavernas, naturais ou escavadas na rocha, também foram encontradas, e que datariam da era romana (63 a.C. - 324 d.C.). No entanto, a afirmação costumeira de que os Nazarenos eram trogloditas (ou seja, viviam em cavernas) é impossível, pois 'as cavernas da Galileia são úmidas e molhadas de dezembro a maio, e só poderiam ser usadas durante o verão e o outono.' Finalmente, Emmet afirma que Sob o espectro dos dados arqueológicos, especula-se que os primeiros habitantes de Nazaré possam ter sido os cananeus, depois os israelitas e judeus da Galileia. De fato, os habitantes da região na Idade do Bronze devem ter sido cananeus, mas a falta de evidência arqueológica mostra que a presença israelita na bacia ainda não foi substanciada.

James Strange, um arqueólogo americano, ressalta que “Nazaré não é mencionada nas fontes antigas judaicas antes do século III. Isto provavelmente reflete a sua falta de proeminência tanto na Galileia como na Judeia.” Strange primeiro estimou a população de Nazaré na época de Cristo como de “aproximadamente 1600 a 2000 pessoas”, e, numa publicação subsequente, em um máximo de 480 pessoas. Alguns historiadores sugeriram que a ausência de referências textuais a Nazaré no Velho Testamento e no Talmude, assim como nas obras de Josefo, sugeririam que uma cidade chamada 'Nazaré' nem mesmo existia nos dias de Jesus.

Muitos autores supõem que a antiga Nazaré foi construída em uma encosta, como era exigido pelas escrituras: E levaram Jesus ao topo do monte no qual a cidade fora construída, para que o pudessem arremessar para baixo' (Lucas 4:29). O monte em questão, no entanto, o Nebi Sa'in, é muito íngreme para as antigas moradias. Bagatti mostrou, no entanto, que esta área foi claramente usada para tumbas e trabalhos de agricultura nas Idades do Bronze e do Ferro, assim como na segunda metade da ocupação romana.