Conurbação entre Stella Maris - SSA e Praia de Ipitanga- Lauro de Freitas - Foto: Marvin Kennedy (Licença cc-by-sa-3.0)

Por volta do ano 1000, a região atualmente ocupada pelo município foi invadida por povos tupis procedentes da Amazônia, os quais expulsaram os seus antigos habitantes, os tapuias, para o interior. No século XVI, quando chegaram os primeiros europeus à região, a mesma era habitada pelo povo tupi dos tupinambás . Em 1552, Garcia d'Ávila recebeu, de Tomé de Sousa, lotes de terra no litoral baiano. Ali, foi instalada, com apoio da família d'Ávila, proprietária da Casa da Torre, uma missão jesuíta, a qual deu origem, em 1758, à freguesia de Santo Amaro de Ipitanga.

A região era habitada por indígenas no Morro dos Pirambás. Por situar-se numa zona próxima ao mar, o que favorecia o escoamento da produção agrícola, vieram os engenhos de açúcar e, com eles, os escravos africanos, que influenciaram fortemente a cultura local. Ainda hoje, se podem encontrar descendentes de famílias escravas, guardiãs dos costumes africanos e praticantes do candomblé.

No século XVII, a história da cidade foi marcada por um surto de cólera que dizimou parcela considerável da população, e pela construção da matriz de Santo Amaro de Ipitanga, erguida na parte mais alta da cidade. A matriz se constituiu na construção mais representativa desse período colonial no Brasil.

Originalmente, Lauro de Freitas pertencia a Salvador, até que, em 1880, passou a ser distrito de Montenegro, atual Camaçari. Em 1932, retornou a Salvador, até que, em 31 de julho de 1962, foi transformado em município. Onze anos depois, passou a integrar a Região Metropolitana de Salvador.