Fauna
A fauna é bem diversificada formada por macacos, antas, capivaras, catetos, jaguatiricas, pacas e até onças pintadas.  A avi-fauna também está presente em grande quantidade. O canto dos tangarás, saíras, pintassilgos, sabiás e companhia, podem ser ouvidos por todo o Núcleo e especialmente junto às trilhas de visitação. Jequitibás, canelas, cedros, jatobás, ipês, guapuruvus e multicoloridos manacás-da-serra, são algumas das árvores que caracterizam a riqueza da floresta perene úmida de encosta.

Espalhada pela Serra do Mar e chegando até os picos mais altos, a floresta abriga e mantém inúmeras nascentes que formam os riachos e córregos de água pura que fazem parte de importantes bacias hidrográficas, como as dos rios Guaxinduba, Pardo e Claro. Esses rios abastecem milhares de moradores no município de Caraguatatuba e parte do município de São Sebastião.

Trilhas do Jequitibá
É fácil de ser percorrida. O visitante vai se encantar com as muitas espécies de árvores, como jequitibás centenários e seus alegres moradores, pássaros de rara beleza. E o mais importante, vai entender como todos os elementos da floresta são fundamentais para a sobrevivência do conjunto. Após alguns minutos de caminhada, um mergulho nas águas claras de uma piscina natural também é irresistível.

Trilha do Poção
Essa trilha é pelo interior da floresta, onde a mata fica mais fechada e é grande a diversidade de palmitos. Um dos símbolos mais ameaçados da Mata Atlântica, o palmito é fundamental no equilíbrio da floresta. É comum o visitante ver algumas das inúmeras espécies de aves que se alimentam dos seus frutos, como tucanos e jacutingas. No final da trilha, uma piscina natural formada pelas águas do Ribeirão do Ouro aguarda o visitante. Com 3.500 metros, a trilha pode ser percorrida em três horas (ida e volta).

Projeto de Preservação da Mata Atlântica
O Núcleo Caraguatatuba vem recebendo, desde 1995, recursos financeiros, veículos, equipamentos e outras formas de apoio do Pro jeto de Preservação da Mata Atlântica (PPMA). A melhoria na infra-estrutura operacional e administrativa, o treinamento e capacitação dos técnicos, estão possibilitando melhorar a eficiêwncia na fiscalização e no desenvolvimento dos programas de educação ambiental e ecoturismo.