Fortaleza de Santa Cruz - Foto: Thiago Cortes

No ano de 1555, o navegador francês Villegagnon instituiu a colônia francesa da França Antártica na atual ilha de Villegagnon, na Baía de Guanabara. A região da baía era evitada pelos portugueses por causa da resistência dos nativos locais, os tamoios. Villegagnon convenceu a Corte Francesa das vantagens de se manter uma colônia permanente no local, de onde a França poderia tentar o controle de comércio com as Índias. Villegagnon planejava construir, no continente, a cidade de Henriville, em homenagem ao rei Henrique IV de França. O comércio com as Índias dava-se de maneira regular e próspera, tornando a Coroa Francesa confiante no sucesso de sua colônia no Brasil.

Villegagnon recorreu ao rei francês e pediu um reforço de 4 000 homens e centenas de mulheres para os franceses se casarem. O soberano decidiu, então, enviar a Henriville um grupo grande de calvinistas, de forma a amenizar os conflitos religiosos que aconteciam naquela época na França. Passado algum tempo, os calvinistas regressaram à França e Villegagnon passou a poder contar com apenas oitenta homens. Diante das acusações de perseguição aos calvinistas e má administração, o navegador francês teve de voltar à França para explicar-se, deixando, em seu lugar, Bois-le-Compte, seu sobrinho.

Aproveitando-se da ausência de Villegagnon, Mem de Sá, governador-geral do Brasil, resolveu invadir a Guanabara e tomar posse da região, no ano de 1560. Com uma expulsão quase que total dos franceses de Henriville, o interior da atual Niterói foi ocupado rapidamente pelos fugitivos. Assim, Estácio de Sá, sobrinho de Mem de Sá, que continuara com o comando da guerra, recorreu à ajuda do cacique temiminó Arariboia (nome tupi que significa 'cobra-papagaio') . Arariboia havia sido expulso pelos tamoios de sua terra natal, a ilha de Paranapuã (a atual Ilha do Governador, na Baía de Guanabara), o que o fez aceitar o pedido do governador, com a esperança de reconquistar a ilha-mãe. Na época, Arariboia estava com sua tribo na Capitania do Espírito Santo, onde expulsara holandeses.

Com o fim da guerra, em 1567, Arariboia recebeu o nome cristão de 'Martim Afonso'. Mas Estácio de Sá resolveu ocupar a ilha de Paranapuã, tornando-a a Ilha do Governador. Para manter a segurança na Baía de Guanabara, Estácio de Sá insistiu a Arariboia para não voltar para o Espírito Santo e o concedeu-lhe o poder de escolher qualquer uma das regiões da Guanabara para viver. Sem titubear, o cacique tupi apontou para o outro lado da baía e disse que queria aquela região de 'águas escondidas', que, em tupi, é 'Niterói'.

O local eram conhecido como 'Band’Além' e foi para lá que Arariboia levou sua tribo, para a vila de 'São Lourenço do Índios'. O Dicionário Aurélio relata que a região onde foi fundada a cidade era habitada, na época, pelos índios cariis. Como monumento de fundação, foi construída a Igreja de São Lourenço dos Índios, até hoje considerada como marco histórico da cidade.

Século XIX

As atividades navais foram responsáveis pelo progresso da aldeia, com o crescimento do comércio de peixes e a construção de armações para o esquartejamento e a industrialização da carne de baleias. A aldeia adquiriu importância até tornar-se a Vila Real da Praia Grande em 1819, quando foi reconhecida pelo Reino de Portugal, naquela época com capital na cidade do Rio de Janeiro, no outro lado da Baía de Guanabara. Nesta época, a cidade baseava-se onde hoje é o Centro, e pequena parte de seu litoral era habitada por pequenos grupos pesqueiros.

A primeira eleição de vereadores e juiz de paz aconteceu em 11 de janeiro de 1829. Com base na então nova lei orgânica, a câmara foi constituída com sete vereadores, tendo, como presidente, Marcolino Antonio Leite, o vereador mais votado. No ano de 1834, a cidade do Rio de Janeiro, então a capital da Província do Rio de Janeiro, separou-se dessa província para constituir o município neutro, sede do Império Brasileiro. Um Ato Adicional realizado no mesmo ano determinou a nomeação da Vila Real da Praia Grande como nova capital da província do Rio de Janeiro.