Taj Mahal-Parque Jaime Duque - Foto: Franz 64

Desde 10.500 a. C., grupos humanos habitavam a região com atividades de caça e coleta. Desde 3500 a. C., já se registram atividades hortícolas, de cerâmica e a domesticação de porquinho-da-índia por grupos que ainda dependiam da caça e coleta. Em 500 a. C., já estava muito difundido o cultivo do milho e batata. Até o ano 800 da era atual, os muiscas (povo indígena mais importante da família Chibcha) habitavam a região, como resultado de uma migração de origem chibcha, procedente de outro território (provavelmente vindos da América Central), que haviam se misturado com a população anterior. A cultura muisca carecia de escrita, por este motivo, os cronistas reconstruíram a história aborígene recolhendo informações através de relatos orais que remontam ao ano de 1470, quando Bogotá era governada pelo Zipa Saguanmachica. No topo da escala da organização social muisca estava o monarca absoluto (Zipa), seguido pela classe religiosa dos xeques e mohanes. Depois estavam os guerreiros güechas, seguidos pelos artesãos, mercadores, camponeses, etc.

Acredita-se os muiscas pudessem praticar sacrifícios humanos de jovens virgens capturadas em guerras ou compradas de outras tribos. Contudo, não existem evidências sólidas ou comprováveis disto. Também criaram um calendário de grande precisão e uma complexa estrutura jurídica, conhecida com o nome de «Código Napoleonico». Por outra lado, as edificações muiscas eram construídas com materiais perecíveis que as impediram de manter-se em pé após a chegada dos conquistadores europeus. Vale a pena destacar que ainda é possível identificar as características americanas na população Bogotana, porém, devido a forte migração que Bogotá recebe de todo o país, o fenótipo do bogotano tem mudado, podendo-se encontrar pessoas com grande variedade de tonalidades de pele, cabelo e olhos, o que a converte em uma cidade multirracial.

Bogotá foi fundada de facto em 6 de agosto de 1538 pelo conquistador espanhol Gonzalo Jimenez de Quesada, que combateu com os índios muiscas, numa populosa tribo chamada Bacatá. Nesta localidade, fez a construção de doze chozas (um tipo de construção de madeira ou pedra, que era usada como moradia, principalmente por pastores), em honra aos apóstolos, e uma igreja em um sítio chamado Teusaca. Em 1538 foi realizada a fundação jurídica. A área conquistada denominada Bacatá deu origem ao nome da cidade, e também era a capital dos índios Muiscas, a qual significa 'cercado fora da lavoura'. O povoado também recebia o apelido de Muequetá ('campo ou savana da lavoura') eou de Funza ('varão poderoso'). Precisamente no território do atual município de Funza, vizinho de Bogotá, e provavelmente na localidade chamada El Cacique, se encontrava a cabeceira do povoado de Bacatá.

Nesta nova cidade estabeleceu o Vice-reinado de Nova Granada em 1717. Na cidade foi feita a primeira declaração de independência (contra o domínio do governo colonial da Espanha) em 1810, mas o processo de independência só se completaria nove anos depois. Em 1819, as forças nacionais lideradas por Simón Bolívar assumiram o controle da cidade, e a designaram como a capital da Grã-Colômbia (atualmente Colômbia, Equador, Panamá e Venezuela). Foi também a capital da Nova Granada[desambiguação necessária] (atual Colômbia), quando a Grã-Colômbia foi dissolvida em 1830.