Rio Hundiaquara - Foto: Me (Licença-cc-by-sa-3.0)

Até o século XVI, a região atual do município era território dos índios carijós, etnia indígena que ocupava a faixa litorânea brasileira desde Cananeia até a Lagoa dos Patos. A partir de 1646, com a descoberta de jazidas de ouro, a região passou a ser ocupada por mineradores e aventureiros provenientes da cidade de São Paulo. Em 1721, foi fundado, oficialmente, o povoado de Morretes.

Foi o ouvidor Rafael Pires Pardinho quem determinou que a Câmara Municipal de Paranaguá autorizasse a medição e demarcação de trezentas braças em quadra, para a instalação do povoado de Morretes. A partir de meados do século XVIII, os parnanguaras capitão Antonio Rodrigues de Carvalho e sua mulher Maria Gomes Setúbal se estabelecem em Morretes, onde logo construíram uma capela, dedicando-a Nossa Senhora do Porto e Menino Deus dos Três Morretes. Em 21 de julho de 1769, o padre Francisco de Meira Calassa abençoou a capela morretense.

No período de 1811 a 1832, o comércio sobrepujou todas as demais atividades em Morretes. E nem só o comércio, mas também a indústria, em particular a indústria de beneficiamento de erva-mate, de que foram pioneiras pessoas abastadas de Paranaguá, que instalaram em diversos pontos do município engenhos de beneficiamento do mate, quase todos movidos a força hidráulica. Em 1823, foi construído um grande teatro de madeira e, nele, foram levados à cena, por jovens morretenses, peças teatrais de grande importância, inclusive uma comédia do famoso escritor da Grécia Antiga Esopo. Em 11 de outubro de 1843, foi criado um Batalhão da Guarda Nacional. Morretes enviou para a Guerra do Paraguai, em 1865, uma companhia de guerra de setenta soldados.