Ponte do Fandango - Foto: Robispierre Giuliani (Licença-cc-by-sa-3.0)

A história do município inicia em 1750, quando tropas portuguesas vindas de São Paulo receberam sesmarias e começaram a povoar a área em volta ao Rio Jacuí, para segurança ao cumprimento do Tratado de Madri. As tropas estabeleceram-se com estâncias de criação de gado bovino. Para demarcar a linha de fronteira foi designado para ir ao Rio Grande do Sul, o governador e capitão general do Rio de Janeiro e Minas Gerais, Gomes Freire de Andrade, Visconde de Bobadela, acompanhado por uma comissão técnica e tropas dos exércitos espanhol e português.

Em 1754 ocorreu a Guerra Guaranítica, onde os índios residentes nas Missões se revoltaram contra o poder da Coroa Portuguesa, da Coroa Espanhola e os padres jesuítas. Com a derrota dos indígenas, alguns deles foram recolhidos por portugueses e formaram uma pequena aldeia no Cerro do Botucaraí. Em 1769 foram levados para o Passo do Fandango, onde construíram a capela de São Nicolau. O lugar é hoje o bairro Aldeia. É nessa época que a pequena vila, formada de açorianos e índios, começa a ser chamado de Cachoeira, devido às quedas d'água do Rio Jacuí que havia no local. Em 10 de julho de 1779, a Capela foi elevada à categoria de Freguesia, com a denominação de Freguesia de Nossa Senhora da Conceição da Cachoeira. Em 28 de setembro de 1799, foi inaugurado o novo templo católico, a Igreja Matriz Nossa Senhora da Conceição.

Em princípios de 1800, a Freguesia de Nossa Senhora da Conceição da Cachoeira entrou num período de crescimento demográfico, comercial e urbano. Contingentes oriundos das guerras de demarcação instalaram-se na povoação; casas comerciais efetuavam transações com o mercado do centro; a cidade ganhou seu atual traçado, elaborado por José de Saldanha, engenheiro, tendo a Praça da Igreja como ponto central.

Atendendo a uma aspiração da população cachoeirense, o Alvará de 26 de abril de 1819 elevou a Freguesia à categoria de vila, por ordem do rei Dom João VI, com nome de Vila Nova de São João da Cachoeira, sendo o quinto município a ser criado, precedido de Porto Alegre, Rio Grande, Santo Antônio da Patrulha e Rio Pardo. A solenidade de instalação do município ocorreu a 5 de agosto de 1820, inaugurando-se o Pelourinho, antigo símbolo da autonomia municipal. Após a criação do município, iniciou-se um período de organização política, social e administrativa.