Barco no Rio Amazonas (o transporte fluvial nessa região é muito comum) - Foto: User Pontanegra (Licença-cc-by-2.5)

Os índios Muras, antigos habitantes da região, habitavam a área que pertence ao município de Manacapuru, já no século XVII. Os Muras eram conhecidos pelos Portugueses como índios belicosos e hostis, motivo pelo qual foram alvos da pacificação imposta por Matias Fernandes, a partir de 1774. Matias Fernandes era diretor da aldeia de Santo Antônio do Imaripi, situada no Japurá, muito distante da região. Os Muras também tornaram-se conhecidos por integrarem a luta com os cabanos em meados do Século XIX, no movimento que ficou conhecido como Cabanagem.

A cidade de Manacapuru originou-se de uma aldeia de índios Muras, fundada a 15.02.1786, após a pacificação dos índios. Os índios Muras eram terríveis, cuja pacificação exigiu grandes esforços, por parte de Matias Fernandes (diretor da aldeia de Santo Antônio do Imaripi) e o General Pereira Caldas; e, segundo A. C. Ferreira Reis, essa pacificação teria ocorrido em princípios de 1785. Por conta da grande distância de Japurá à localização dos Muras, por volta de 1785, já existia à margem do Rio Solimões, pouco abaixo da foz do Rio Manacapuru, uma Feitoria de Pesca denominada Caldeirão, cuja produção era destinada ao abastecimento da guarnição militar sediada em Barcelos, que a essa época era sede da Capitania. A Feitoria de Pesca era administrada por Sebastião Pereira de Castro.

Sebastião Pereira de Castro comunicou ao General Pereira Caldas a grande migração de índios muras vindos de outras regiões para a localidade. Segundo Castro, em 27 de setembro daquele ano, haviam chegado ali um 'grosso número de gentio mura', que desejavam estabelecer-se nas vizinhanças. Em resposta a essa comunicação, o General Pereira Caldas recomendou que os índios fossem deslocados para o povoado de Anamã - que mais tarde viria a ser um município - ou um outro lugar designado pelo administrador. O local escolhido para o estabelecimento dos Muras foi a margem do lago Manacapuru. Ali, cerca de 290 indígenas Muras se estabeleceram em 15 de fevereiro de 1786, edificando assim, a povoação, que recebeu o nome de Manacapuru, nome este pertencente ao lago.