Tem como mais importante rio o São Francisco, marcando
naturalmente a fronteira de Sergipe com Alagoas; seus principais
afluentes no estado são o Jacaré, o Capivara
e o Poxim.
Dos rios que deságuam no oceano Atlântico
alguns merecem destaque. Vaza-Barris, Serjipe, Piauí
e Real (divisa entre Sergipe e Bahia).
Seu litoral, em sua porção norte é
pontilhado por pequenas lagoas (Seca, Redonda, Camurupim,
Catu, de Santa Izabel e Piranduba). Algumas lagoas também
podem ser encontradas próximo às margens do
rio São Francisco (Caldeirão, da Porteira,
do Peixe Gordo e de Cotinguiba).