Os índios Tupinambás foram os primeiros habitantes da região de Ubatuba. Eram excelentes canoeiros e viviam em paz com os índios do planalto, até a chegada dos portugueses e franceses, que tentaram escravizar os índios, com o intuito de colonização.
Os Tupinambás e Tupiniquins organizaram-se, formando a "Confederação dos Tamoios" e passaram a enfrentar os portugueses (Tamoios é uma palavra da língua falada pelos Tupinambás, que significa "o mais antigo, o dono da terra", portanto a Confederação era a união dos índios, verdadeiros donos da terra). Os padres José de Anchieta e Manoel da Nóbrega chegaram à região com a missão de pacificá-los. Na ocasião, Anchieta tornou-se prisioneiro dos índios, permanecendo aqui por quatro meses, enquanto Nóbrega voltava a São Vicente para finalizar o tratado de paz, que seria firmado em 14 de Setembro de 1563, denominado "Paz de Iperoig". Foi nesta época que Anchieta escreveu o Poema à Virgem na praia de Iperoig, constituído de 5.732 versos.

Com a paz firmada, o Governador Geral do Rio de Janeiro, Salvador Corrêa de Sá e Benevides, tomou providências para colonizar a região, enviando os primeiros moradores para garantir a posse da terra para a Coroa Portuguesa.
O povoado conseguiu sua emancipação político-administrativa e foi elevado à categoria de Vila em 28 de outubro de 1637, com o nome de Vila Nova da Exaltação à Santa Cruz do Salvador de Ubatuba, tendo como fundador Jordão Albernaz Homem da Costa.

Os povoadores se instalaram ao longo da costa, utilizando o mar como meio de transporte. Todavia, com o surgimento da economia do ouro, a região do Litoral Norte se transforma em produtora de aguardente e açúcar para o abastecimento das áreas de Minas Gerais, que experimentava um novo surto do progresso. A Vila de Ubatuba deixa de ter apenas a agricultura de subsistência, passando a uma agricultura comercial, que incluía, além da aguardente e açúcar, fumo, anil e produção de peixe salgado.

Em 1787, o presidente da Província de São Paulo, Bernardo José de Lorena, decretou que todas as embarcações do litoral seriam obrigadas a se dirigir ao porto de Santos, onde os preços obtidos pelas mercadorias eram mais baixos. A partir dessa pressão do governo, Ubatuba entra em franca decadência e muitos produtores abandonaram os canaviais. Os que ficaram passaram a cultivar apenas o necessário para a subsistência.

A situação só melhorou a partir de 1808 com a abertura dos portos, quando da transferência da Família Real Portuguesa para o Brasil, fugindo das tropas napoleônicas, decretando a "Abertura dos Portos às Nações Amigas", em 28 de Janeiro daquele ano. A medida beneficiou diretamente a então Vila de Ubatuba. O comércio ganha impulso inicialmente com o cultivo do café no próprio município, enviado para o Rio de Janeiro. Todavia, o café se expande para todo o Vale do Paraíba e Ubatuba passa a ser o grande porto exportador, privilegiada mais ainda pela estrada Ubatuba - Taubaté, calçada com pedras para sustentar o intenso tráfego de burros carregados de mercadorias.

A Vila passa à categoria de cidade em 1855. Novas ruas são abertas, o urbanismo, no sentido moderno, alcança o município. São criados o cemitério, novas igrejas, um teatro, chafariz com água encanada, mercado municipal e novas construções para abrigar a elite local, dentre as quais o sobrado de Manoel Baltazar da Costa Fortes, hoje sede da FUNDART.
Inúmeras fazendas se instalaram ao longo da costa, a maioria hoje lembrada apenas pela presença de ruínas, ou pelo nome dado às praias como Lagoinha, Maranduba, Ubatumirim e Picinguaba.

A construção da ferrovia Santos - Jundiaí, aliada à decadência do Vale do Paraíba, que perdeu mercado para a maior produtividade da lavoura de café do Oeste Paulista (região de Campinas), determinaram o isolamento econômico da região do Litoral Norte e, em consequência, de Ubatuba.
Uma tentativa de construir uma ferrovia entre Taubaté e Ubatuba foi vista com muita esperança, sendo importados trilhos da Inglaterra. Porém, durante o governo do Presidente Floriano Peixoto, foi suspensa a garantia de juros sobre o valor do material importado, provocando a falência do Banco Popular de Taubaté e, em consequência, da companhia construtora.

A estrada Ubatuba - Taubaté praticamente desapareceu e o tráfego marítimo foi reduzido à escala de apenas um navio a cada dez dias na linha Santos - Rio de Janeiro.
Depois de um longo período, após a Revolução Constitucionalista de 1932, com o objetivo de integrar a região, cujo isolamento ficou patente no conflito, o Governo Estadual promoveu melhorias na Rodovia Osvaldo Cruz (Ubatuba - Taubaté), passando a cidade a contar com uma ligação permanente com o Vale do Paraíba.
Aos poucos, Ubatuba começa a desenvolver a sua vocação turística, recebendo um impulso decisivo nesse setor com a construção da rodovia BR-101 (Rio - Santos), em 1972.

Origem do nome
Existem diversas versões de traduções do nome da cidade. Uma delas:
Ubatuba é uma palavra de origem indígena Tupi-Guarani, composta pelos vocábulos uba e tuba:
Uba - espécie de cana silvestre ou canoa
Tuba – muitas
Ou seja, uma expressão para designar um local onde havia um canavial ou muitas canoas.

Importância do Padre José de Anchieta para Ubatuba e o Brasil
O que é simples, marcante e profundo sobrevive através dos tempos, na eloquência da sua mensagem e perenidade.
José de Anchieta marcou a história, a educação e a cultura do nosso povo, com o qual partilhou sua vida e seus talentos. Incansável, criativo, piedoso, ousado, profético, polivalente, benfeitor.
Anchieta nasceu em 19 de Março de 1534 em San Cristobal de Laguna, Tenerife, nas Ilhas Canárias, Espanha. Em 1548 iniciou seu estudos em Coimbra, célebre centro intelectual de Portugal, onde ingressou na Companhia de Jesus, recém fundada por Santo Inácio de Loyola, sonhando ser missionário. Nessa época Anchieta tinha apenas 17 anos.

Em 8 de Maio de 1553 o jovem jesuíta partiu para o Brasil na 3ª Expedição de Missionários Jesuítas, chefiada pelo Padre Luiz de Grã. Chegou em 13 de Julho do mesmo ano em Salvador, na Bahia, onde permaneceu alguns meses. Em outubro partiu para o sul do Brasil, a caminho da Capitania de São Vicente. Visitou pela primeira vez a aldeia de Reritiba, hoje cidade de Anchieta, no Espírito Santo. Em 25 de Janeiro de 1554, ainda noviço jesuíta, esteve presente na fundação da Vila de Piratininga, berço da futura metrópole de São Paulo, no atual Pátio do Colégio.

Em 5 de Maio de 1563, Anchieta chegou à Praia de Iperoig em Ubatuba, em companhia do Padre Manoel da Nóbrega, afim de negociar uma trégua com os índios Tupinambás. Regressando Padre Manoel da Nóbrega a São Vicente, Anchieta permaneceu refém. Aqui iniciou seu famoso Poema à Virgem, com 5.732 versos latinos, alguns dos quais tracejados nas areias da Praia de Iperoig. Em setembro do mesmo ano voltou a Bertioga em companhia do índio Cunhambebe.

Dois anos mais tarde, participou da fundação da cidade do Rio de Janeiro, ao lado de Estácio de Sá, e no mesmo ano foi ordenado sacerdote em Salvador. Por ocasião dessa viagem, novamente Anchieta pisou em solo capixaba. Em 1567 retornou ao Rio de Janeiro e no mesmo ano seguiu para a Capitania de São Vicente, onde foi nomeado Superior local dos padres jesuítas. No ano de 1573, visitou o Santuário da Penha no Espírito Santo, afim de render graças por ter sido salvo de um naufrágio. Em 1577 recebeu a nomeação de Reitor do Colégio, na Bahia, mas deixou o cargo no mesmo ano para assumir as funções de Provincial dos Jesuítas do Brasil. Tinha 43 anos de idade. Daí em diante, permaneceu praticamente o resto de sua vida no Espírito Santo, realizando ainda algumas viagens para diversos pontos do país, promovendo a fundação de comunidades jesuítas. Em 1579 recebeu a imagem de Nossa Senhora Assunção em Reritiba, com a apresentação do auto "Dia da Assunção", de sua autoria. Em 1585, fundou a aldeia de Guaraparim (ES). Para a inauguração escreveu o mais expressivo auto tupi, "Na Aldeia de Guaraparim".

No dia 9 de Junho de 1597, aos 63 anos, Anchieta faleceu em Reritiba, após 44 anos de incansável trabalho apostólico-pastoral realizado no Brasil. Catequista onipresente, poeta, tupinólogo e professor. Músico, enfermeiro, construtor de capelas, conselheiro espiritual.

Em 1611 os ossos de Anchieta foram transladados em parte para o Colégio da Bahia e alguns para Roma. Em 1617, a pedido dos Jesuítas do Brasil, foram iniciados os processos de Beatificação e Canonização do Padre José de Anchieta. No ano de 1736 o Papa Clemente XII declarou Padre Anchieta "Venerável" por constar que suas virtudes foram exercitadas pelo Papa Clemente XIV. Em 1773, foram suspensos os processos.
Somente em 22 de Junho de 1980, o Papa João Paulo II beatificou o Padre José de Anchieta, chamado "Apóstolo do Brasil".

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