Em torno da data de fundação e nome do fundador de Mogi das Cruzes ainda existem séries divergências. Oficialmente e conforme o que vem sendo comemorado - a fundação remonta a 1560 e o fundador é Brás Cubas. Entretanto, estudos calcados em documentação descoberta por volta de 1932, apontam Gaspar Vaz como fundador e fazem crer que a localidade nasceu por volta de 1600. Os partidários do nome de Brás Cubas têm como argumento fundamental o registro de que em 1560 o bravo fidalgo obteve uma sesmaria que vinha até as terra hoje ocupadas por Mogi. E concluem que, recebendo a gleba, Brás Cubas estabeleceu uma fazenda, a fim de tomar posse efetiva das terras que lhe haviam sido doadas. Esta fazenda teria sido a semente de que nasceu Mogi das Cruzes.

Os que não concordam com essa versão baseiam-se no Foral respectivo, que contém um requerimento datado dos primeiros dias de abril de 1611. Nesse documento, Gaspar Vaz e outros pediam ao Governador. Dom Francisco de Souza, que elevasse a povoação à categoria de Vila. O processo recebeu pareceres favoráveis das demais vilas e do Capitão Gaspar Conqueiro e, finalmente, a 17 de agosto de 1611, o pedido teve despacho favorável pelo Governador, sendo a nova unidade oficialmente instalada, sob. denominação de "Santa Anna de Mogi Mirim", no dia 1º. de setembro de 1611. A ata lavrada na ocasião registra que os moradores da Vila ali residia, a cerca de dez anos. E, apesar da divergência quanto ao ano de fundação e ao nome do fundador, todos entretanto concordam que o aniversário de Mogi das Cruzes deve ser comemorado a 1º de setembro.

Origem do Nome
Quando a região era habitada somente por índios, o nome do lugar era M'Bogy, que significa "rio das cobras" como os selvagens se referiam ao Tietê. Com o decorrer dos anos o nome foi se alternando: passou primeiro a Boigy, depois a Mogy e finalmente a Mogi.
Quando a Vila foi criada, em 1611, foi chamada de Sant'Anna porque era uso aduzir-se ao nome das vilas o seu padroeiro.
E acrescentou-se, também Mirim que na língua dos índios queria dizer pequeno, obviamente porque o povoado era pequeno.
Ficou sendo então Santa Anna de Mogi Mirim.

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