Martim Afonso de Souza chegou em São Vicente a 31 de Janeiro de 1527, juntamente com seu irmão Pero Lopes de Souza que veio como relator da esquadra, Martim Afonso estabelece em 1533, o primeiro engenho de cana-de-açúcar da região: o Engenho dos Erasmos em território de Santos. Em 1540 tem-se noticias do primeiros povoadores da Ilha de Santo Amaro (de origem européia): Estevam da Costa e Jorge Ferreira. Cinco anos após instala-se no Guarujá o primeiro engenho de cana-de-açúcar e a capela de Nossa Senhora da Apresentação, propriedade de Gonçalo Afonso e Manoel de Oliveira!

No mesmo ano, José Adorno constrói a Capela de Santo Amaro, que daria o nome definitivo à Ilha. Brás Cubas, fundador da Vila de Santos, manda construir, em 1552, a fortaleza de São Felipe, que serviria para defender a região do ataque dos piratas. Um ano após, o alemão Hans Staden naufraga na costa vicentina e entra para o grupo militar que ocupava a Fortaleza de São Felipe de São Felipe. Chegou a ser comandante do forte. Mais tarde seria aprisionado pelos índios tamoios, conseguindo fugir e retornar à Europa. Em 1669, surge a primeira indústria da região, a armação das baleias, às margens do Canal de Bertioga, onde havia o beneficiamento dos subprodutos cetáceos, principalmente ossos . A empresa funcionou até 1830. O primeiro censo realizado na Ilha, aponta a existência de 536 moradores no ano de 1765.

A família de Miguel Francisco Bueno Chaves adquire o sítio da Glória, sendo uma das grandes famílias que praticamente dominaria a Ilha durante o século XIX. em 1892 a Companhia Prado Chaves adquire, junto à praia das Pitangueiras e parte do sítio Glória, extensas áreas de terra. Começa o processo de urbanização que, resultaria na implantação da Vila Balneária, embrião da Gurarujá moderna. A Vila Balnearia, embrião da Guarujá moderna. A Vila Balneária é inaugurada no dia 04 de setembro de 1893.
Em 1911 começam a surgir as plantações de bananas que viriam a ser uma das grandes riqueza agrícolas da região. No ano de 1920 começa a fase áurea do jogo e do interesse turístico por Guarujá.

A companhia Prado Chaves entra em decadência (1926). Seus bens foram hipotecados à Companhia Mecânica e Importadora de São Paulo e, seus serviços encampados pelo Governo do Estado.
No dia 30 de junho de 1934, a cidade consegue sua emancipação administrativa. No ano de 1940 começa a construção do Forte dos Andradas. Surgem os primeiros edifício na orla das praias e as primeiras mansões. A emancipação política acontece no ano de 1948, a cidade passa a eleger seus prefeitos, que antes eram nomeados pelo governo do Estado.
No dia 30 de dezembro é criado o Distrito de Vicente de Carvalho, no ano de 1953.

Origem do Nome
Até chegar no seu nome atual, a Ilha de Santo Amaro passou por vários nomes, entre eles temos:
Ilha Oriental - nome dado pelos portugueses
Ilha Oriental - nome dado pelos espanhóis
Ilha de Guaivê - nome dado pelos índios, este nome significa entre outras coisas: cipó de amarrar, separada por ter sido cortada, etc.
Ilha de Santo Amaro - este nome é usado até nossos dias e foi dado por José Adorno devido a construção de uma Capela com esse nome por volta de 1544/1545.

O nome Gurarujá é de origem indígena e existem várias discordâncias quanto ao seu significado. Segundo o dicionarista João Mendes de Almeida, Guarujá quer dizer: uma passagem estreita que seria aplicada a sala de pedras existente no atual edifício Sobre as Ondas, ou para outros, Guarujá significa: viveiro de sapos ou rãs "Guarusapos ya" ( que se cria ou cresce) ou ainda local que se cria ou se cresce alguma coisa.

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