Por volta de 1839 ou 1840, dona Francisca Ribeiro dos Reis mandou construir uma capela sob a invocação de Nossa Senhora das Brotas, dando assim começo à povoação, que anteriormente era conhecida como a denominação de salto e não passava de um sítio entretanto, foi herança recebida de José dos Reis o primeiro proprietário destas terras.

Outro nome que Brotas recebeu foi o de Fazenda Velha, porque o antigo povoado ocupava o lugar desta fazenda. O nascimento real do município deu-se entre as cabeceiras ou brotas do Rio Jacaré Pepira. Como Distrito de Paz, foi criado pela lei n.º 20, de 06/03/1846 e anexado ao município de Rio Claro pela lei nº 2, de 09/03/1853. Foi elevado à Vila, pela lei nº 1, de 14/02/1859, tornando-se Cidade, pela lei nº16, de 14/05/1894.

O Município foi instalado a 29/08/1859.
Santo Padroeiro: Nossa Senhora das Dores de Brotas.

Origem do Nome
Seu nome advém de um brasileirismo típico do Estado de São Paulo: "Brota" olha d’água - nascente; vindo daí o seu significado: "Lugar em que a água surge"

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