A referência mais remota sobre o território do município de Três Rios data do início do século XIX, quando Antônio Barroso Pereira obteve por requerimento, de 16 de setembro de 1817, "terras de sesmaria no sertão entre os rios Paraíba e Paraibuna..." É no teor da concessão da referida sesmaria, exarada pela coroa portuguesa, que se identifica a origem da primeira toponímia do município - Entre-Rios.

Dentro do seu patrimônio territorial Antônio Barroso Pereira fundou cinco fazendas: a fazenda Cantagalo, a mais importante, e as fazendas Piracema, Rua-Direita, Boa União e Cachoeira, todas dependentes da primeira.

A 23 de junho de 1861 foi inaugurada a rodovia União e Indústria (que ligava Petrópolis a Juiz de Fora) e que passava pelas terras da fazenda Cantagalo. Essa rodovia contou com grande colaboração do fazendeiro Antônio Barroso Pereira e, por esse motivo, o imperador Pedro II agraciou-lhe, em 1852, com o título honorífico Barão de Entre-Rios. Ainda em sua homenagem, à estação rodoviária local foi dado o nome de Estação de Entre-Rios. Com o batismo da estação não tardou que o pequeno povoado, formado às margens da rodovia, passasse a ser conhecido como Entre-Rios.

Em 1867 os trilhos da Estrada de Ferro D. Pedro II chegaram à região e, tal a rodovia, essa ferrovia recebeu o importante apoio do Barão que, falecido em 1862, transmitiu a fazenda Cantagalo para sua filha Mariana Claudina Pereira de Carvalho, feita Condessa do Rio Novo em 1880.

Viúva e sem filhos, a Condessa, falecida a 05 de junho de 1882, em Londes, onde se encontrava em tratamento de saúde, deixou a fazenda Cantagalo para a obra assistencial que planejara em Paraíba do Sul, a Casa de Caridade, com a recomendação de que "as terras próximas à Estação de Entre-Rios", poderiam ser aforadas para os que ali quisessem residir. Tratava com essa recomendação de garantir recursos perpétuos àquela futura casa de assistência social.

Somada à movimentação que já se fazia sentir pela rodovia e pela ferrovia, a oportunidade do aforamento de terras veio, sobremaneira, efetivar um relativo progresso para o local, já reconhecido como importante entroncamento rodo-ferroviário. A 13 de agosto de 1890, pelo decreto 114, o povoado de Entre-Rios foi elevado a 2º distrito de Paraíba do Sul. Confirmava-se o acelerado progresso local, apresentado por uma superioridade frente ao distrito sede: maior população, maior contingente eleitoral, maior arrecadação de impostos - variados componentes que fizeram com que o povo entrerriense reivindicasse sua emancipação de Paraíba do Sul, já no início da década de 20.

A 14 de dezembro de 1938, pelo decreto 634, o distrito de Entre-Rios conseguiu a sua emancipação político-administrativa e o novo município foi instalado a 1º de janeiro de 1939.

Todavia, o município, nascido com a toponímia de Entre-Rios, viu-se no início dos anos 40 obrigado, por órgãos federais, a mudar a sua denominação pela triplicidade do nome existente em outros municípios brasileiros. A partir de 31 de dezembro de 1943, pelo decreto-lei 1056, o município de Entre-Rios passou a chamar-se TRÊS RIOS, numa clara conotação aos três mais importantes rios que cortavam o seu território: rios Paraíba do Sul, Piabanha e Paraibuna.

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