Com o início da exploração aurífera no território das Minas Gerais, a região do Rio das Mortes tornou-se passagem forçada para aqueles que se dirigiam de Taubaté ou de Parati para as lavras de Ouro Preto ou do Rio das Velhas.

São João D'el Rei foi fundada em fins do século XVII, por taubateanos liberados por Tomé Portes D'el Rei que, por isso, é considerado seu fundador.

Em 8 de dezembro de 1713, o arraial alcaçou foros de vila, com o nome de São João D'el Rei, homenagem a D.João V, e também passa a ser sede da comarca do Rio das Mortes. Nesta época o arraial já havia uma população densa, duas igrejas e duas irmandades religiosas.

O Povoado do Arraial Novo de N.S. do Pilar foi marco inicial da hoje cidade de São João del Rei (criada em 6 de março de 1838), banhada pelo Rio das Mortes.
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