O Parque foi criado em 8 de novembro de 1991 através do decreto 4967-E e já no ano seguinte a UNESCO o declarou como Patrimônio da Humanidade por fazer parte da Reserva da Biosfera da Mata Atlântica. Ganhou este nome porque nele se encontra o rio Itaúnas, um rio cuja bacia hidrográfica drena as águas de oito municípios.

A História de Conceição da Barra iniciou-se em 1537 quando uma forte tempestade fez com que uma das naus portuguesas aportasse em um grande rio chamado pelos índios Guaianás de Kiri-kerê, o mesmo que dorminhoco. Esse nome foi dado devido à quietude das águas do rio, hoje denominado Cricaré.

Em 1554, negros fugidos da Bahia e expedições portuguesas se refugiaram no litoral, aumentando, assim, o povoamento.

Os Jesuítas também estiveram presentes em uma visita do Padre José de Anchieta, datada de 1596; mudou-se o nome do Rio Cricaré para São Mateus, passando a cidade a ser chamada de Barra de São Mateus.

O nome da cidade surgiu de uma homenagem que os nativos decidiram prestar a Nossa Senhora da Conceição, padroeira do então povoado de Barra de São Mateus. Em 19 de setembro de 1891, quando de sua emancipação, a cidade passou a ser chamada de Conceição da Barra. Nota-se hoje a preservação da história local com o seu forte folclore convivendo com o progresso.

Uma de suas festas mais tradicionais é o Ticumbí, um baile de Congo e festa guerreira, cuja cultura é passada de geração em geração.

As dunas de Itaúnas foram se formando por volta de 1930 devido ao desmatamento da restinga com a exploração das madeiras e derrubadas das árvores do norte do Estado.

No início dos anos 70, a movimentação de areia juntamente com ventos fortes e constantes soterrou a antiga Vila de Itaúnas. Possuía, no passado, duas ruas e cerca de 300 casas, duas padarias, posto do Correios e escola. Seus habitantes foram forçados a se mudarem para a margem direita do Rio Itaúnas e hoje vivem da pesca e do turismo.

O vento forte tem trazido ruínas de algumas antigas construções como a torre da velha Igreja de São Benedito vindo à tona vestígios de antigas civilizações.

As dunas possuem 5 quilômetros no sentido Norte-Sul e 1 quilômetro Leste-Oeste. Com até 30 metros de altura, são a maior atração turística da região.

Considerando o seu valor paisagístico, histórico e arqueológico as dunas, a vila de Itaúnas e parte do pântano, foram tombadas pelo Conselho Estadual de Cultura, em 1986.
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