Uma tribo de índios Aimoré dominava a margem direita do Peroaçu (mais tarde Paraguaçu), no trecho em que este recebe as águas do Guaí. Os índios chamavam o lugar de “Marag-gyp” – rio dos Mosquitos – em razão do local ser cercado por extensos manguezais, habitat natural desses insetos, especialmente nas mudanças de maré. Os primeiros exploradores chegaram em 1520, atraídos pela riqueza das matas e a existência de um porto para navios de pequeno e grande calado, que funcionava como apoio à rota marítmo-fluvial com final em Cachoeira.

O município nasceu de uma sesmaria doada pelo segundo Governador Geral, Duarte da Costa, a seu filho Álvaro da Costa. O local, na borda do lagamar, foi escolhido para a fundação do povoado que precisava se defender dos ataques indígenas. Com a construção da Matriz de São Bartolomeu em meados do século XVII, no topo de uma colina, foi criado um novo centro urbano.

A cidade experimentou grande desenvolvimento durante o século XIX, quando cresceu, na economia baiana, a importância do fumo – antes utilizado como produto de escambo para aquisição de escravos na África. O início da industrialização do fumo aconteceu em Maragogipe com a instalação de duas grandes fábricas brasileiras de charutos: a Suerdieck e a Danneman. A sede foi elevada a cidade em 1850, com o título de Patriótica Cidade de Maragogipe, em razão de sua participação nas lutas pela independência do Brasil.

Porto natural abrigado, a cidade está exatamente no encontro do rio Paraguaçu com o rio Guaí formando uma extensa região de lagamar, cercada por cerca de 30 km de manguezais com 30 metros de largura. Apresenta excelentes condições para o turismo náutico contando, inclusive, com uma ponte de atracação para embarcações de grande calado.

Último reduto de saveiros no Recôncavo Baiano, Maragogipe ainda abriga, no porto do Caijá, dezenas de canoas e saveiros. Essas antigas embarcações à vela eram muito utilizadas para o transporte das mais diversas mercadorias no interior da Baía de Todos os Santos, até recentemente, e ainda teimam em sobreviver concorrendo com meios de transporte mais modernos. Como outras cidades da região, Maragogipe traz uma forte tradição religiosa católica, também comprometida com o candomblé. Cidade pacata que se transforma durante o mês de agosto quando é celebrada a festa de seu santo padroeiro, São Bartolomeu.
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