O nome Boipeba é de origem tupi boi-peba, “cobra chata”, possivelmente uma referencia à tartaruga marinha ou a uma espécie de cobra que, quando irritada, achata o corpo, sobretudo o pescoço.

Em Velha Boipeba, fica a Matriz do Divino Espírito Santo (início do séc. XVII) e, em São Sebastião, a Igreja de São Sebastião (início do séc. XX).

1811 Boipeba perde a categoria de vila. Jequié, atual Nilo Peçanha, situada à sua frente, no continente, eleva-se à vila e passa a chamar-se Nova Boipeba.
1823 O almirante Lord Thomas Cockrane e suas forças estabelecem base para as operações da primeira esquadra brasileira na baía de Tinharé, no âmbito das lutas da independência. Nesse período, parte dos canhões da reserva de artilharia da fortificação do Morro é transferida para Salvador.

1933 Excavações ilegais são feitas na igreja de Velha Boipeba, aparentamente em busca de um tesouro.

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