Seus primeiros habitantes foram os índios Tupinambás que a chamavam de Cururupeba (sapo miúdo e nome de um chefe indígena Tupinambá). Foi palco de grandes invasões estrangeiras e, a partir de 1534, pertenceu à Sesmaria de Mem de Sá, terceiro Governador Geral do Brasil, e, posteriormente, doada aos jesuítas.

Com a expulsão dos jesuítas do Brasil, a ilha passou a pertencer à Coroa com a denominação de Freguesia de Madre de Deus do Boqueirão. Em 1584 foi arrendada a lavradores e passou a chamar-se Ilha de Madre de Deus. Durante a colonização tornou-se ponto de apoio às embarcações, pois estava na metade do caminho entre as usinas de açúcar e a capital. No início deste século foi ponto de veraneio da classe média de Salvador até o surgimento da atividade petrolífera na década de 50, que mudou o perfil do município.

Os indígenas que habitavam a baía de Todos os Santos a denominavam por Cururupebas. Colonizada por jesuítas, recebeu o topônimo de ilha de Madre de Deus do Boqueirão. Em 1584, foi arrendada a lavradores, o que provocou o desenvolvimento do local.
Município criado por Lei Estadual de 13.06.1989, desmembrado de Salvador, com a denominação de Madre de Deus.
A sede, formada distrito em 1947, foi elevada à categoria de cidade quando da criação do município.
O município é composto ainda pelas ilhas de Maria Guarda, Vacas e a Coroa do Capeta, além da ilha de Madre de Deus propriamente dita, hoje ligada ao continente através de uma ponte. A sede do município foi, por muito tempo, freqüentada por veranistas. Da arquitetura civil destacam-se duas as casas no alto da Matriz e, na praia do Suape, a Casa dos Dois Leões e a de Antônio Balbino, ex-governador da Bahia, todas da segunda metade do século XIX, assim como a igreja Matriz de Nossa Senhora de Madre de Deus. Caminhando pelas ruas da cidade encontram-se as fontes do Jauá, Ouricuri, Dendê e da Quitéria. O Porto do Mirim conta com 26 barcos que fazem travessia regular para as outras ilhas e também podem ser alugados para passeios.

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