Os primeiros habitantes da região foram os índios, que foram perseguidos e massacrados com a chegada do colonizador. Um dos primeiros colonizadores foi o comerciante José Francisco Monteiro, que em busca de riquezas, se interessou em ficar definitivamente na região.

Ele se instalou num lugar chamado Pasto Grande onde era a Sede da Freguesia de São Francisco, no Rio Preto, próximo à atual cidade, no entanto, devido aos ataques constantes dos índios, em 1888, a sede da Freguesia foi transferida para o lugar onde hoje está a cidade de Humaitá, com o nome de Freguesia de Nossa Senhora da Conceição do Belém de Humaitá.

Já em 1890 é fundado o município de Humaitá. Em 1891, foi criada Comarca de Humaitá, e em 1894 foi elevada a condição de cidade.

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